El dithering se aplica unicamente cuando vas a exportar la versión final de 16 bits. Si lo guardas en 32 bits es porque posiblemente lo vas a seguir editando o le vas a hacer alguna modificación adicional, y en ese caso no debes aplicar dithering. Recuerda, unicamente al final de todo el proceso y para obtener la copia final de 16 bits.
Complementando lo que dice jhbenav, el dithering lo utilizas cada vez que necesites reducir la resolucion en bits, es decir pasar por ejemplo de 32 a 24, o de 24 a 16, o de 32 a 16 o de 64 a 32, o 64 a 16, en fin, cada vez que necesites reducir la resolucion en bit. Cuando necesitas reducir la resolucion en bits? pues por ejemplo cuando tienes un master a 32 y lo vas a quemar en formato CD, pero ojo, tambien aplica al mezclar y masterizar, si utilizas plugins que trabajen a una resolucion en bits menor a la que lleva la señal, pues tambien tendras que insertar un plugin de dither. Ocurre si estas mezclando o masterizando con plugins waves, que trabajan a 24 bits, y si tus archivos eran originalmente a 32 bits, pues habra un truncamiento de datos, y para evitarlo se utiliza dither.
Tengo una pregunta sobre el tema...
Desciendo en SAVE AS...a 16 y luego aplico el dithering???
Dependiendo del DAW, puedes hacerlo así, algunos te permiten aplicar el dither en el bounce.
Dithering se aplica cuando queremos evitar distorsion por cuantizacion, es decir, cuando reducimos el bit depth. Tanto sea ir desde 32 bits a 24, de 32 a 16 o de 24 a 16 bits