Si básicamente ambas tomas están interactuando y siguiendo los consejos no debería irte mal. Aunque el efecto que se genera a mi en lo personal me mola.
Está claro que no te gusta el efecto que se produce, que para otros puede gustar. Personalmente grabaría con un solo micro si paneas las guitarras ( o en xy pero luego las dos señales juntadas en mono), y el micro ubicado en sitios diferentes en cada toma para aportar distinto color. Cambiar de guitarra en la 2a toma también te dará un sonido más natural. Efectivamente sale un efecto chorus, pero creo que es inevitable si utilizas el mismo guitarrista, guitarra, arreglo. Si lo único que quieres es hacer más grande el sonido de una sola guitarra prueba cambiando la ubicación de los micros, y la interpretación es fundamental. En españolas a veces consigues sonidos mucho más "gordos" tocando suave y acercando el micro.