En protools, si graba en flat si le pongo los plugins?

Da igual grabar sin plugins o con plugins procesando (ejemplo ecualizacion), o protools graba diferente?

Interpreto que tu pregunta se refiere a que si : Al insertar un plugin en una pista, se graba con el efecto o se graba sin el, te contesto:
Depende de como rutees el plugin a ese canal ...

Puede ser de una forma u otra...

Si insertas plugins en una pista de audio, lo que grabes en esa pista no se ve afectado por el plugin pero tú si que lo escuchas cuando la monitorizas.

Si quieres que los plugins se queden grabados, puedes crear pistas auxiliares donde entren tus señales de grabación, insertas en esas pistas los plugins y la salida de las pistas auxiliares las envías a pistas de audio que será donde grabes tu señal ya procesada.