Hola, bueno encontré la solución, sucede que el RecordMyDesktop que está en los repositorios de Ubuntu no funciona para Jack ni aunque diga que está compilado para Jack, lo que hay que hacer es usar un DEB de AV linux, ses funciona. Bueno hice un post, veanlo en:
http://www.taringa.net/posts/linux/16604906/Estereo-Mix-con-RecordMyDesktop-y-Jack-en-UbuntuStudio-12-04.html
http://www.taringa.net/posts/linux/16604906/Estereo-Mix-con-RecordMyDesktop-y-Jack-en-UbuntuStudio-12-04.html
