Ruido al grabar el bajo

En teoría, si al grabar no escuchas esos ruidos, no deberías grabar ruidos. Quizás tengas una monitorización directa y lo que escuchas no es lo que estás grabando.
Comprueba que la señal que está entrando no está saturada y formando ondas cuadradas.
Otra cosa a revisar es el disco duro, el ancho de transferencia y que lo tienes debidamente defragmentado.

Un saludo,

Marco