Hola cntborja.
Yo los denoisers los aplico solo en las partes en las que realmente hacen falta. De todas formas muchos de los ruidos se concentran a bajas frecuencias, as´ique en el proceso de mezcla al aplicar los filtros paso alto muchos te los vas a cargar. Cuando hay soplidos de previo y cosa así la cosa se complica un poco. Ahí tendrías que buscar las partes donde el ruido fuese distinguible y eliminarlo en dichas partes. Ten en cuenta que el nivel de ruido en principio tiene que mantenerse constante independientemente del nivel de la señal "buena", así que en las partes donde tenga mucho nivel la señal no es necesario eliminar ruido.
Otras veces los ruidos dejan de ser un problema al aplicar expansores y puertas en la mezcla.
Un abrazo.