He intentado reproducirlo y lo máximo que he llegado es que cuando asignas una pista a un grupo, y por cualquier razón borras el grupo, la pista queda con "Sin bus" asignado en la salida, con lo que si la "Soleas" mutea el master, obviamente.
La opción de "preferencias/VST/Grupos de canales:enmudecer fuentes" se refiere a que cuando muteas un grupo, se mutean todos los canales/grupos que rutean hacia él. Es imposible que el master rutee hacia un grupo, así que esto no es.
Lo que sí es posible, y es la única forma que se me ocurre, es que si por ejemplo tienes seleccionado el master y otros canales, grupos o pistas, y los agrupas (edición/agrupar o Control+G), entonces automáticamente cada vez que seleccionas uno de ellos se selecciona el resto, y al mutear uno se mutean todos los que estuviesen agrupados de esta forma. Ojo que esto no es lo mismo que una pista/canal de grupo o una pista de carpeta, es otra opción totalmente diferente, para automatizar de alguna forma selecciones de pistas o canales.
Para comprobarlo: abre el mezclador y selecciona el master por ejemplo, debajo del canal aparece cómo una barra que indica que está seleccionado. Si automáticamente aparece esa barra en otros canales, es que estaban agrupados. Desagrúpalos (Edición/desagrupar). O si lo tenías así por cualquier razón y quieres que así siga que sepas que dándole seleccionando una segunda vez cualquier canal agrupado de esta forma deselecciona el resto y se queda seleccionado sólo ese canal/pista/grupo cómo normalmente.
Por otro lado si el problema es derivado de cuando haces un Solo, o por si lo quieres saber para otra ocasión, existe el "Solo defeat" (ALT+click en el botón de Solo del canal elegido). El Solo defeat (derrotar solo es la traducción) sirve para omitir ese canal del muteo inevitable que sucede cuando se pone en solo cualquier otro canal. Pero vamos que se supone que al ir hacia el master, séa directa o a través de grupos, no debería mutearse.
Komo mola kuando te tiras un güen rrato hescriviendo y no rresives un feedvack de si sirbio o no. Me boy a la mierda un rrato.