Pues, que yo sepa, sí hay que pasar por caja. Si tocas la melodía principal el resultado puede considerarse legalmente como una versión u obra derivada. El promotor de la jam debería dar una lista a la SGAE y abonar los derechos correspondientes. Y si grabas esos temas en un disco, pagar una licencia mecánica.
https://en.wikipedia.org/wiki/Cover_version#U.S._copyright_law
Otra cosa es que no te pillen, o no les merezca la pena pillarte. Pero si quieren, supongo que tienen base legal.
Es por eso que músicos de jazz, autores de libros didácticos o CDs de acompañamiento se han buscado el truco de cambiar la melodía (aunque con algún guiño que la hace reconocible) y el nombre de los temas, manteniendo la progresión de acordes, que no puede estar sujeta a propiedad intelectual. Por ejemplo, en el Aebersold de "Payin' Dues":
http://www.jazzbooks.com/jazz/product/V15DS#.Vz7CfULnFHA
tienes temas como "Flesh and Spirit" (Body and Soul) o "Share-a-key" (Cherokee). Ya los títulos te dicen que no es, pero sí es.
Lo cual es, una vez más, una de las paradojas de tratar de legislar algo tan complejo y etéreo como la propiedad intelectual. Las leyes que tienen el noble propósito de proteger y fomentar la labor creativa también pueden tener el efecto contrario, retorcidas y pervertidas por negociantes y leguleyos.
Cuando tú escuchas a un jazzista tocar un estándar lo que te interesa es la versión, no la melodía original, que ya te la sabes de sobra y no es más que un punto de referencia desde el cual poner en juego la creatividad del improvisador. En mi opinión, como obra creativa una interpretación de un estándar le debe bien poco al compositor original, y es lo que testificaría si me llamaran como perito musical a un juicio.
Pero me temo que de momento es lo que tenemos, y las leyes hay que cumplirlas.