Grabar guitarra en PC, ecualización

Tengo el Guitar Rig 5 y el Amplitube 3 como vst en el FL Studio. Y una fender Stratocaster que conecto, vía adaptador de jack, a la PC por el agujero del micrófono. Ya he probado conectar la guitarra al ampli y éste a la pc, pero suena infinitamente peor que conectando la guitarra a la Pc directamente. Según mi opinión, si ni tienes un ampli realmente bueno, descansa en los amplis del Guitar Rig. Ahora... mi pregunta viene por el lado de la ecualización. ¿Me conviene ecualizar la guitarra con el parametric EQ primero, sin los efectos del Guitar Rig o Amplitube, o con los efectos ya puestos? En resumen... ¿ecualizar antes o después? Agradezco sus respuestas.

Yo lo haría después para que la ecualización concuerde con el sonido de los efectos, pero si te sientes tan a gusto con el guitar rig por que no ecualizas la guitarra desde este plugin para obtener un sonido redondo?