Hola, si te sirve de consuelo, la mayoría de los problemas raros sin explicación aparente, se suelen ir si formateas todo de nuevo y reinstalas el sistema operativo, nuendo, plugins, etc, si no quieres tanto coñazo, copia la carpeta donde tengas los vstplugins, y la mayoría volviéndolos a copiar en el directorio donde tengas los plugins te funcionarán, digo la mayoría porque los que tengan instalación propia en archivos de programa y tal, tendrán ahí las preferencias, presets, etc y quizá tengas que volver a instalarlos, pero la mayoría irán bien.
Yo tengo un Core Quad parecido al tuyo, pero con 4Gb de Ram y el sistema operativo en un disco duro es Xp Sp3, tengo actualizados los drivers del teclado midi (usb), y de las tarjetas de sonido Edirol FA-101 y otra FCA-202 a los más actuales posibles para el xp y el windows 7 que lo tengo en otro disco duro y trabajo con los dos perfectamente con Cakewalk
Sonar 8, Cubase Sx3 y Cubase 5 y Reason en Windows XP y con el Cubase 5 en Windows 7 (aquí el cubase 5 me consume bastante cpu, más que en Xp) pero no tengo ningún problema, así que puede ser incompatibilidad de tu pc con el sistema operativo, o con tu placa, en fin lo que te digan en la tienda, aunque para mi el problema es mucho más sencillo, algún problema de drivers (si tu teclado es usb) o con los puertos usb o algo donde tengas conectado el teclado controlador (siempre que no sea conectado directamente a la tarjeta mediante midi, en este caso puede ser fallo de los cables o puertos midi), yo formatearía, instalaría el xp sp3 y luego los drivers del teclado midi, si es usb, luego los de la tarjeta firewire (mirando siempre las últimas versiones en sus webs) y después instalaría de nuevo el nuendo y probaría a grabar algo, configura en principio una latencia un pelín mayor para que no vaya tan forzada la tarjeta unos 12 ms y a ver que tal, si todo bien, empieza a configurar valores más exigentes de latencia, buffer, etc.
Me imagino que el teclado y la tarjeta están bien porque te funcionan en el portátil antiguo, asi que supongo que si no es un fallo del micro, placa, puertos, etc, después de un formateo e instalar de nuevo los controladores y el nuendo debería ir como la seda con la máquina que tienes.
Yo hace un año o así me volví loco porque se oían chasquidos raros y se pillaba el cubase, con las mismas tarjetas y teclado que te he comentado y era por el disco duro, ya que era en mi antiguo pc, que tenía un disco duro antiguo, donde corría el sistema y el cubase, producía interferencias electrónicas cuando leía datos y era horrible los chasquidos y bloqueos que producía al cubase, pues cuando me había dado por vencido de que no me funcionaría ningún programa en el pc, probando cosas, fue quitar ese disco duro antiguo (5-6 años) por otro nuevo más grande y mi sorpresa fue que el antiguo pc, tiraba sin problemas con cualquier programa, no era problema de las tarjetas, ni del teclado, ni de drivers, ni de windows, ni de cubase, supongo que no tiene nada que ver tu disco duro porque el pc es muy nuevo y los componentes ya no darán esos problemas.
Prueba a formatear y empieza todo de cero, crea copias de seguridad en algún disco externo al sistema que vas a formater, de tus proyectos, samples, documentos personales que sean importantes y ponte manos a la obra, no pierdes nada intentándolo y quizá soluciones todos tus males sin tener que invertir más dinero o cambiar cosas de tu nuevo pc.
Por cierto en cuanto al evironment del Cubase 5 está bastante bien y eso de los mensajitos en las preferencias se puede quitar para que haga siempre lo que tu quieras sin preguntarte ni molestarte.
Saludos.