Hola,
Vamos a ver, soy bajista desde hace muchos años y siempre he pasado el bajo por el ampli para todas las grabaciones, estudio, local de ensayo, etc.
En cambio, para grabar en casa, como mi amplificador es demasiado grande para ir con él de arriba a abajo, lo que hago es pasar el bajo por la caja de inyección, después a la mesa y después a la tarjeta y como dice un compañero más arriba, el único problema sería que te pasaras con el volumen y pudieras joder los monitores.
Lo que está claro, es que los altavoces hi-fi son muy delicados y esos sí que tendrías más riesgo de reventarlos, los monitorres de estudio no lo sé con seguridad, yo diría que no hay riesgo, pero para ir sobre seguro no los pongas a toda pastilla cuando grabes con el bajo.
Para rersponder a la segunda pregunta, te comento lo que yo hago, aunque seguro que habrá otras maneras que serán también buenas o mejores que la mia.
Para grabar tanto guitarras como el bajo, utilizo aparte de los efectos que me interese, un compresor y un plugins que se llama Inspector.
http://www.elementalaudio.com/products/inspector/
Es un analizador de espectro que te da tambien las saturaciones. Comprimiendo la señal de manera coherente y jugando con la ganancia del compresor, puedes conseguir que la señal no sature en absoluto y no aparezca ningún clips en la grabación. Siempre manteniendola al máximo nivel, pero sin saturar la señal.
Lo ideal es tener unos oidos que lleguen a estos niveles, pero para afinar al máximo, los mortales necesitamos trucos de este tipo para sacarle mayor rendimiento a los compresores.
Por cierto, ya que estamos no estaría mal si alguien hace este proceso de manera distinta lo comentara para tener más recursos de grabación.
Gracias y un saludo.